Hayatın Kökeni- Protocell Hücrelerin Kökenine Dair 3 Temel Problem

Hayatın kökeni en azılı seküler evrimcilere göre dahi karanlıktır. Bunun nedeni üzerinde çalışma yapılmıyor olması değil, her yapılan çalışmanın daha da artan bir frekansla yaratılışı, zekice dokunuşu ve hayatın bilgi temelinde yaratıldığını gösteriyor olmasıdır. Çok değil 100-150 yıl kadar önce hücrenin basit bir yağ yapısı olduğu düşünülmekteydi. Aradan geçen yıllar ve ilerleyen bilimle sekülerlerin o dönem iddia ettikleri ”bilimde ilerleme Allah konusunun sonsuza kadar kapanmasını sağlayacak”, çıkarımlarını ise aradan geçen yıllar ve bilimde ki devasa ilerleme ile çöp haline gelmiş durumdadır. Bırakın o dönemden bugüne ilerlemeyi o dönemde ki kadar dahi seküler bakış açısına malzeme vermemektedir. Aslında hiç malzeme vermemektedir çünkü hem kimyasal koşullar, hem biyolojik koşullar hem de dünyanın kendine has durumları canlılığın kendi kendine oluşup ortaya çıkmasını sağlayabilecek durumda değildir. Ama bunlardan daha büyük bir argüman daha vardır ki aslında en önemlisi de odur. O argüman canlılıktaki bilgidir. Yaşayan her canlı şey DNA ve çok az bir kısmı da sadece  RNA taşımaktadır. DNA ve RNA’nın en temel özelliği içerisine bilgi şifrelenmiş olmasıdır. Dikkat edin, sadece bilgi taşımamakta ama aynı zamanda bilginin çok sofistike bir şekilde taşınmasını sağlamaktadırlar.

 

Bu makalede yazar hayatın kökeni konusunun kesin bir şekilde doğal prosesler olamayacağını çok özet bir şekilde açıklamaktadır. Hayat hayattan gelir, hayat Allahtan gelmiştir. İnsanoğlunun Yüce Allahı unutması onun kendi trajedisidir.

 

And olsunki onlara; Gökten bir su indirip de ölümünden sonra yeryüzünü dirilten kimdir diyecek olsan mutlaka; Allahtır diyecekler, Deki; Hamd Allaha mahsustur, fakat onların çoğu buna akıl erdirmezler. Ankebut 63

 

Yazı temel olarak aslına sadık kalınmış bir özet şeklinde çevrildi. Yine de çeviride hatalar olmuş olabilir, lütfen bu tarz hataları bildirin. Yazının orjinaline şuradan ulaşabilirsiniz.

Hayatın Kökeni; Protoceller ile Alakalı En Temel 3 Problem

 

”Uzun Hikayeler Kısaca” video serisinin son videosu Youtube kanalımızda yayınlandı. Bu video hücre zarlarının doğal süreçlerle neden  oluşamayacaklarını açıklamaktadır. Benim daha önce yazdığım yorumlara şuradan ulaşın. Şimdi daha fazlasını yazalım;

 

En basit yaşam formlarının üzerindeki gizemi katman katman kaldırdıkça nasıl da hayret verici ölçekte gelişmiş olduklarını fark ediyoruz. Bu böyle devam ettikçe hayatın kökeni araştırmacıları giderek artan ölçekte ellerindeki kozu oynuyorlar; hayal etmek… onlar proto hücrelerin yaşayan formlardan nasıl daha da basit oldukları üzerinde yoğunlaşıyorlar, proto hücreler şu an yaşayan benzerlerinden daha basittirler ve arada ciddi manada zaman bulunmaktadır. Proto hücreler prebiotik sentezleme ile oluşabilecek basit moleküller ile sersemletici bir kompleksliğe sahip olan yaşam formları arasındaki boşluğu uygun bir şekilde doldurmaktadır. Ama bu proto hücreler konseptinde 3 adet devasa sorun bulunmaktadır. Bu problemler empirik (bilimsel, gözlemlenebilir) deliller ile güçlü bir şekilde desteklenmektedir.

 

Üzerine Titreyen Bir Çevre

 

Öncelikle bilim adamları on yıllarca en basit canlı formunu tanımlamak için çalıştılar, en az özellikle ile canlılık barındıran bir form üzerine çalıştılar. Craig Wenterin[1] grubunun başarısı bunlar arasında en iyi bilineni. Bilinen en minimal canlıyı üretebilmek için 2010 ve 2016’daçeşitli çabalar içerisinde bulundular.[2] [3] Onlar bilinen en basit kendini kopyabilen canlı ünvanını elde bulunduran JVCI Syn 3.0 isimli canlıyı tanıttılar[4] 473 gen ve 520.000 baz çifte sahip bir DNA ile JVCI Syn 3.0 kendi kopyalarını üretebilir ancak bu çok sağlıklı değildir.[5] Bu canlıyı hayatta tutabilmek için çok özen ile yaşamı destekleyen bir ortam üretmeniz gerekmektedir. Araştırmacılar daha istikrarlı,sağlıklı ve hızlı çoğalabilen bir canlı oluşturabilmek için canlının genomuna 19 adet gen daha eklediler.[6] Bu kombinasyonların eklenmesi ile minimum boyuttaki bir canlı için minimallik boyutlarını sınırların ulaştığımız anlaşılmıştır. Net olarak bunun sınırlarına ulaştığımızı söyleyebiliriz. Kendini kopyalayabilen bir canlı üretebilmek için minimum 400 gen ve 500.000 DNA çiftine ihtiyacımız var demek mübalağa olmayacaktır.

 

 

 

Çevreye İhraç Etmek

İkincil olarak hali hazırda mevcut olan bir hücreden bazı parçaları çıkarmak hasebiyle yapılan basitleştirme aslında temel problemi basitleştirmemektedir.[7] Bu sadece bu sorunun çevreye ihraç edilmesi işlemidir.  Güçlü, çetin bir hücre gıdalarını çeşitlendirmek yoluyla çevreye adapte olabilir. Basitleştirilmiş hücre gitgide çevreye ve çevrenin sağlayacaklarına daha fazla bağımlı hale gelmektedir. Yani diğer bir değişle basitleştirilmiş hücrenin çevreye karşı stabil duruşu çevreye karşı bağımlılığa dönüşmektedir, yani bir nevi sorumluluk çevreye atılmaktadır. JVCI Syn 3A ya atıf yapan Thornberg şu şekilde sonuca ulaşmaktadır; ” Benzersiz bir şekilde kendi yapıtaşlarını üreten pek çokorganizma gibi JVCI SYN 3A bunların sadece nakliye kısmını sahip olmuştur.[8] Yani çevre spesifik özellikleri bulunan gıda maddelerini durmaksızın sağlamaya devam etmelidir (Görüldüğü gibi çünkü sadece nakliye yeteneği elde mevcuttur ÇN). JVCI Syn 3a için yegane enerji kaynağı glikoz olacaktır,[9] yani çevre organizmaya uyumlu özellikleri bulunan besinleri sağlamaya devam etmelidir. Zeki insanlar oldukça sıradışı konumda bulunan canlılar için gerekli besinleri sağlayabilirler ancak prebiotic atmosfer bunu yapamaz. Milyonlarca yıl boyunca protohücrelerin bu ihtiyaçları istisnasız bir şekilde karşılanmalıdır.

 

Basitlik İçin Çabalama

 

3.cü olarak biz biliyoruz ki hali hazırda mevcut mikroplar sürekli olarak kendilerini basitleştirmeye çalışmaktadırlar çevreleri müsaade ettiği sürece. Richard Lenski’nin popüler E coli deneyinde riboz şekeri işleme kabiliyetlerini 2000 nesil sonra basitleştirmişlerdir çünkü artık daha fazla riboz metabolize etme ihtiyaçları kalmamıştır ve bu özellik olmadan kendilerini yüzde 2 daha hızlı kopya edebilmektedirler. Bu onlara bir seçilim avantajı kazandırmıştır.[10] Bundan öte Kuo ve Ochman çok iyi kurgulanmış ve uygulanmış bir araştırmada söyle bir sonuca ulaşmışlardır; ” Basitleştirme sürecinde DNA’da silinmeler, eklenmelerden yaklaşık 10 kat daha ağırlık kazanmış bir faaliyettir[11] Bu açık bir şekilde yaşayan şeylerin en başından beri olabildiğince basit olmaya çalıştıklarını göstermektedir. Bununla birlikte yeryüzündeki mevcut yaşam formları muhtemelen bu basitliğin sınırlarına ulaşmış durumdadırlar. Bunun bir istisnası Richard Lenskinin deneyinde gösterdiği gibi onlara normalde doğada olmayan bir ortam ve sürekli bir gıda vb. desteği vermeniz, onları koruyup kollamanızdır. Ancak bu tarz müdahaleler özel bir ortam, özel olarak ayarlanmış ve doğru zamanda doğru şekilde yapılmış pozitif müdahaleleri içermektedir. Dünyanın ilk yılları yada zekice bir müdahalenin olmadığı hiçbir zaman diliminde hiçbir şey bu tarz müdahaleleri yapamaz. Bununla birlikte bilim adamlarının yaşayan formları daha fazla basitleştirmek gibi bir kaygıları yoktur çünkü bizim hali hazırda elimizde oldukça yüksek sayıda basit yaşam formu mevcuttur. Mycoplasma Genitalium 580.000 baz çiftinden oluşan bir genom ve 468 gene sahiptir.[12] buna ek olarak Craig Venter’ın sentetik hücresi[13] JVCI Syn 3,0 karşılaştırılabilir 520.000 gen ve 473 gene sahiptir.[14]

 

 

Bu bilgiler bize oldukça temiz bir görüntü sağlamaktadır; En basit en ilkel form bile bir bilgi yumağıdır, 500.000 DNA bazından oluşmuştur ve zekice bir müdahale olmadan indirgenemez, basitleştirilemez ve özel bir ortam sağlanmazsa yaşayamaz. Yaşayan en basit formlar olarak görebileceğimiz Protohücreler hayatın kökeni araştırmacılarını inançlarını madde ve enerjinin olmasına bağlayan  basit ve aşağılanmış

[1] https://tr.wikipedia.org/wiki/Craig_Venter

[2] Gibson DG et al.Creation of a bacterial cell controlled by a chemically synthesized genome. Science 2010; 329:52–56.

 

[3] Gibson DG et al.Synthetic Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0 clone sMmYCp235-1, complete sequence. 2010. NCBI Nucleotide. Identifier: CP002027.1.

 

[4] Hutchison CA III et al.Design and synthesis of a minimal bacterial genome. Science. 2016; 351: 1414.

 

[5] Burada yukarıdaki cümlelerde bahsedilen canlıyı üretmek vb. ifadelerle anılan şey eldeki parçalar ile hali hazırda canlı  durumdaki bir organizmanın genetiği ile  ve bazı yapısal durumları ile oynamak. Yoksa sıfırdan bir şeyin üretildiği gibi bir durum yok. Şöyle düşünebilirsiniz; elinizde 5 kapılı bir araç mevcut bunu nasıl daha basite indirgeyebilirim  diye başladığınız bir çalışmada kapıları sökmeniz ile aracınızın hareket kabiliyeti zarar görmeyecektir ancak kapıları sökülmüş bir araç ile çok uzun süre  ve değişik durumlarda seyahat edemezsiniz. Sürdürebilir değildir ancak yinede basite indirgemiş oldunuz. Çevirmen Notu

[6] Breuer et al.eLife 2019; 8:e36842. DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.36842.

 

[7] Craig Venter grubunun deneyinde zaten hali hazırda mevcut olan bir hücrenin belli özellikler çıkarılmış ve hala yaşayıp yaşamadığı kontrol edilmiştir. Canlı yaşamaya devam etmiştir ancak Venter’in koca bilim ekibinin özel olarak ürettiği suni şartlarda!!

[8] Thornburg ZR et al.Fundamental behaviors emerge from simulations of a living minimal cell. Cell 2022; 185: 345-360.

 

[9] Cooper VS et al.Mechanisms causing rapid and parallel loss of ribose catabolism in evolving populations of Escherichia coli J Bacteriology 2001, 2834-2841.

 

[10] Cooper VS et al.Mechanisms causing rapid and parallel loss of ribose catabolism in evolving populations of Escherichia coli J Bacteriology 2001, 2834-2841.

 

[11] Kuo, CH and Ochman H. Deletional bias across the three domains of life.  Biol. Evol.1:145–152.

 

[12] Fraser CM et al.The minimal gene complement of Mycoplasma genitalium. Science. 1995; 270; 397-403.

 

[13] Craig Venterın sıfırdan ürettiği bir hücreden bahsedilmiyor burada. Venter çalışmalarında genomu bir miktar basitleştirerek doğada olmayan bir form üretmiştir. Bunu şöyle örneklendirebiliriz; Kapısız araba üretiliyormu fabrikalarda ? Sizin bir araç satın aldığınızı ve bu aracın kapılarını söküp yerine plastik kaplama yaptığınızı varsayın. Bu muhtemelen yeryüzünde örneği olmayan bir araç olacaktır. Ancak bu bir eksiltmedir ve bilinçli bir müdahele gelmiştir

[14] Hutchison CA III et al.Design and synthesis of a minimal bacterial genome. Science. 2016; 351: 1414.